不过实际上初号机内发生的事情和他想的完全不一样，他的老婆儿子早就被程斌转移走养起来随后用念气模拟顶替了，初号机里发生的并不是母子见面互诉深情，而是程斌大刀阔斧的灵魂改造。
“在初号机环境下，碇唯和碇真嗣的灵魂接触，其双方变化的范围相当大，比起一点一滴的引导，还是这种精神接触信息爆炸方便改造。”
程斌一点一点干涉与碇真嗣相关的人，把他尽快送到初号机里，为的就是这个目的。
纵然碇真嗣是他用念气模拟的傀儡化身，但不想引起使徒反应的话，这个化身必然要遵循着正常的轨迹生活，想用这个人类身份的化身去改变试探一些东西，程斌就得找个由头把他合情合理地变成行为逻辑符合自己需求方便操纵的样子。
真嗣进入初号机，和母亲灵魂触碰交流发生了奇妙的化学反应，整个人性格出现明显变化并知道了一些奇怪的信息...在物理层面上来说是完全符合两者算法规律的，虽然发生这种事情的概率比较小，嗯，微乎其微...
按照预设进行了一轮快速改造后，灵魂化身碇真嗣的意识重新上线了。
似乎眨眼间沉稳沉默了许多的碇真嗣配合着外面的工作人员进行了几次初号机全面检测，最终却没有找到之前异常的缘由。
在碇源堂的命令下，此事就此揭过。
不过预定的eva运动测试就只能暂时搁置了，研究部门准备让驾驶员退出初号机，停机仔细检查一下初号机的变化。
但就在此时，刺耳的警报声响彻整个基地。
接到沿着紧急渠道传来的消息，nerv的人们不由得一愣——
等了十几年，使徒终于来了。
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