朱元璋知道明军远离南京，南京城有被张士诚的吴军进攻的危险，但他认为他的部队还是应该全力进攻陈友谅的汉军。
1361年9月，朱元璋率水军北上，他们先抵达安庆，俘获了一些船只，但没有破安庆城，于是接着北上。
1361年9月23日，明舰队到达鄱阳湖入口，湖口。
陈友谅在九江部署自己的水军迎战，在朱元璋航行的途中，明军从两侧包围汉军阵线，陈友谅损失了一百多艘大小战船，但他自己避过朱元璋的耳目，溯江而上去了武昌。
次日，明军在江面上攻击九江城垣，此刻陈友谅已经脱身，朱元璋只好派徐达去追赶陈友谅。徐达没能赶上陈友谅，他在汉阳城外抛锚，于是徐达开始攻城，但依旧没有拿下汉阳。
陈友谅退缩武昌，徐达封锁陈友谅，这场封锁从1361年9月持续到1362年4月。
朱元璋在九江督阵，他采用政治攻势，迫使江西各个城池州府投降。
1361年10月底，南康、饶州、建昌派来使节拥护明政权，湖北东部也有三个城池投降。
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